Niezwykle bogata szata roślinna Pienin pozwala zaliczyć je do najciekawszych pod tym względem obszarów Polski. Dla naukowców jest ona przedmiotem nieustannych studiów, zaś oko turysty cieszy bogactwem form i barw.

Pierwotny las pieniński to typowy dla regla dolnego las jodłowo -bukowy z domieszką jaworu, wiązu i klonu. Obecny skład lasów, w których występuje znaczna domieszka świerka, zwłaszcza w Pieninach Spiskich i Małych Pieninach, to wynik działalności człowieka nie liczącej się z naturalnymi warunkami, a obliczonej na szybki zysk. Na obszarach chronionych obserwuje się proces unaturalnienia lasów; sztucznie wprowadzone przez człowieka świerki ustępują powoli miejsca jodłom i bukom. Naturalny las świerkowy, typowy dla regla dolnego, znaleźć możemy jedynie w Małych Pieninach pod szczytem Wysokiej, gdzie stworzono ścisły rezerwat przyrodniczy. Od kilku lat obserwuje się niestety w Pieninach pogorszenie stanu zdrowotnego jodły, będące najprawdopodobniej wynikiem wzrastającego zanieczyszczenia atmosfery.

Drzewem charakterystycznym dla krajobrazu Pienin jest sosna, porastająca w niewielkich skupiskach szczytowe partie skał, zwłaszcza w rejonie Trzech Koron, Pieninek i Macelowej Góry. Do najciekawszych składników lasów pienińskich należą również cis i modrzew polski. O licznym niegdyś występowaniu cisów świadczą nazwy lokalne (Cisowiec, Podcisowiec itp.) – dziś zachowały się jedynie pojedyncze okazy, których naliczono ok. 1000 sztuk. Samotnie rosnące modrzewie należą już w Pieninach do rzadkości, a większe skupiska tych pięknych drzew można spotkać na pd. stokach Beskidu Sądeckiego i Gorców (np. na Marszałku nad Krościenkiem, gdzie dla ich ochrony utworzono rezerwat zwany Księżym Lasem).

Łąki Pienin zawdzięczają swe powstanie działalności człowieka, który wykarczował niegdyś płaty lasu w celu uzyskania terenów pod uprawę roli. Mimo to określa się je jako półnaturalne, gdyż zasiedlają je prawie wyłącznie rośliny rodzime, które wkroczyły samorzutnie na tereny pozbawione drzew. Od wczesnej wiosny do późnej jesieni rozkwitają one coraz to innymi kwiatami, pojącymi zapachem i zachwycającymi barwą. Specjalnością pienińskich łąk są storczyki – znajdziemy tu blisko połowę wszystkich gatunków storczyków występujących w Polsce. Najpiękniejsze są pienińskie łąki przed sianokosami, na przełomie czerwca i lipca, kiedy to kwitnie najwięcej roślin.

Na nasłonecznionych skałkach wapiennych, wszędzie tam gdzie choćby odrobina gleby i wilgoci umożliwia wegetację, żyją liczne gatunki roślinności naskalnej. W tych „czarodziejskich ogrodach” rosną prawie wszystkie endemity pienińskie, czyli rośliny, których jedynym miejscem występowania są Pieniny.

Najrzadszym z endemitów jest mniszek pieniński (Tarcucacum pieninicum), rosnący tylko w jednym miejscu, na powierzchni kilkudziesięciu metrów kwadratowych w szczytowej partii Trzech Koron. Od kilku lat, gdy oberwanie skały zniszczyło klasyczne stanowisko, nie odnaleziono już żadnych egzemplarzy tej rośliny. Na uwagę zasługują również pozostałe endemity, jak: pszonak pieniński (Erysimum pieninicum) rosnący również tylko w jednym miejscu – na Górze Zamkowej w Czorsztynie, bylica piołun (Artemisia absinthium), chaber barwny (Centaurea triumfetti), rozchodnik ostry (Sedum acre) i mokrzyca szczeciolistna (Minuartia setacea). W Pieninach rośnie ponadto ok. 40 gatunków rzadkich roślin, które można spotkać także w innych rejonach kraju, lecz tylko na bardzo nielicznych stanowiskach.

Wśród pienińskich roślin znajdujemy również świadków panującej u nas przed 8-10 tysiącami lat fazy klimatycznej cieplejszej i suchszej. Są to tzw. relikty geograficzne, które przetrwały na swych stanowiskach z odległych czasów, oddalone znacznie od najbliższych stanowisk swego gatunku. Największą osobliwością flory pienińskiej jest chryzantema polski. O licznym niegdyś występowaniu cisów świadczą nazwy lokalne (Cisowiec, Podcisowiec itp.) – dziś zachowały się jedynie pojedyncze okazy, których naliczono ok. 1000 sztuk. Samotnie rosnące modrzewie należą już w Pieninach do rzadkości, a większe skupiska tych pięknych drzew można spotkać na pd. stokach Beskidu Sądeckiego i Gorców (np. na Marszałku nad Krościenkiem, gdzie dla ich ochrony utworzono rezerwat zwany Księżym Lasem).

Łąki Pienin zawdzięczają swe powstanie działalności człowieka, który wykarczował niegdyś płaty lasu w celu uzyskania terenów pod uprawę roli. Mimo to określa się je jako półnaturalne, gdyż zasiedlają je prawie wyłącznie rośliny rodzime, które wkroczyły samorzutnie na tereny pozbawione drzew. Od wczesnej wiosny do późnej jesieni rozkwitają one coraz to innymi kwiatami, pojącymi zapachem i zachwycającymi barwą. Specjalnością pienińskich łąk są storczyki – znajdziemy tu blisko połowę wszystkich gatunków storczyków występujących w Polsce. Najpiękniejsze są pienińskie łąki przed sianokosami, na przełomie czerwca i lipca, kiedy to kwitnie najwięcej roślin.

Na nasłonecznionych skałkach wapiennych, wszędzie tam gdzie choćby odrobina gleby i wilgoci umożliwia wegetację, żyją liczne gatunki roślinności naskalnej. W tych „czarodziejskich ogrodach” rosną prawie wszystkie endemity pienińskie, czyli rośliny, których jedynym miejscem występowania są Pieniny.

Najrzadszym z endemitów jest mniszek pieniński (Tarcucacum pieninicum), rosnący tylko w jednym miejscu, na powierzchni kilkudziesięciu metrów kwadratowych w szczytowej partii Trzech Koron. Od kilku lat, gdy oberwanie skały zniszczyło klasyczne stanowisko, nie odnaleziono już żadnych egzemplarzy tej rośliny. Na uwagę zasługują również pozostałe endemity, jak: pszonak pieniński (Erysimum pieninicum) rosnący również tylko w jednym miejscu – na Górze Zamkowej w Czorsztynie, bylica piołun (Artemisia absinthium), chaber barwny (Centaurea triumfetti), rozchodnik ostry (Sedum acre) i mokrzy-ca szczeciolistna (Minuartia setacea). W Pieninach rośnie ponadto ok. 40 gatunków rzadkich roślin, które można spotkać także w innch rejonach kraju, lecz tylko na bardzo nielicznych stanowiskach.

Wśród pienińskich roślin znajdujemy również świadków panującej u nas przed 8-10 tysiącami lat fazy klimatycznej cieplejszej i suchszej. Są to tzw. relikty geograficzne, które przetrwały na swych stanowiskach z odległych czasów, oddalone znacznie od najbliższych stanowisk swego gatunku. Największą osobliwością flory pienińskiej jest chryzantema Zawadzkiego (Dentranthema Zawadzkii), zwana dawniej złocieniem, będąca krewną hodowanej u nas ozdobnej, drobnokwiatowej chryzantemy. Najbliższe jej stanowiska znajdują się w odległości ok. 1000 km od Pienin – pod Kurskiem na Uralu. Piękna ta roślina o białych, lekko fioletowych płatkach i złotym środku kwitnie masowo w murawach naskalnych po obu stronach przełomu Dunajca. Oprócz niej do ciekawszych gatunków reliktowych należą: jałowiec sawina (.Juniperus sabina), niestety prawie wytrzebiony przez ludzi wierzących w jego lecznicze właściwości, dębik ośmiopłatkowy (Dryas octopelata), traganek jasny (Ąstragalus australis) i szarotka alpejska (.Leontopodium alpinum), niedawno znaleziona na skałach Góry Zamkowej, co do której są jednak poważne wątpliwości, czy jest to stanowisko naturalne.

Usta roślin naczyniowych występujących w Pieninach obejmuje ponad 100 gatunków, zaś zarodnikowych – 360 gatunków porostów i 200 mchów. Najciekawsze skupiska roślinności pienińskiej znajdują się w masywie Trzech Koron oraz w rejonie czorsztyńskiej Góry Zamkowej.

Fauna Pienin jest mniej bogata od flory, zaś skład mieszkańców tutejszych lasów nie odbiega od spotykanych w sąsiednich lasach beskidzkich. Z rzadszych gatunków ssaków należy wymienić zapuszczającego się czasem w te strony wilka, a także rysia i żbika. Największą jednak osobliwością wśród pienińskich ssaków jest… mysz małooka, znana w Polsce poza Pieninami tylko z okolic Wrocławia. Ostatniego niedźwiedzia zanotowały tutejsze kroniki w r. 1915. Bogato reprezentowany jest świat nietoperzy, z których najrzadszym jest podkasaniec wąskoskrzydłowy. Wśród 150 gatunków ptaków na uwagę zasługują puchacz, puszczyk, kruk i jastrząb. Do niedawna gnieździł się w Pieninach orzeł przedni, lecz po zniszczeniu jego gniazda od pioruna w latach siedemdziesiątych orły zniknęły z Pienin. Na białych wapiennych skałach można czasem zobaczyć rozłożone karminowo -czerwone skrzydła pomurnika, wyglądającego jak egzotyczny kwiat. Nad wodami potoków uganiają się pliszki, pluszcze i zimorodki.

Najliczniej reprezentowanym rodzajem fauny są owady, a wśród nich 1600 gatunków motyli, co stanowi 65% wszystkich gatunków motyli żyjących w Polsce. Do najpiękniejszych motyli pienińskich należą: paź królowej, żeglarz, niepyiak apollo i niepylak mnemozyna; wszystkie chronione, lecz wszystkie ginące w zastraszającym tempie na skutek niekorzystnych zmian w atmosferze i glebie.